А. Макаров обвинялся по следующим статьям УК РФ: “злоупотребление должностными полномочиями” (ч.2.ст.285), “получение должностным лицом взятки в крупном размере” (п.”г” ч.4 ст.290), “пособничество в совершении мошенничества в особо крупном размере” (ч.5 ст.33 и ч.4 ст.159),”вымогательство, совершенное в целях получения имущества в особо крупном размере” (п.”б” ч.3 ст.163).

18 августа 2008 года началось судебное разбирательство с участием присяжных заседателей.
12 марта 2009 года отстраненный от должности мэр выиграл в Европейском суде по правам человека дело против России, ему присуждены 8 тыс. евро за моральный ущерб. Суд счел, что не были обеспечены должные условия содержания Макарова в СИЗО, и что судебные власти необоснованно продлевали мэру срок заключения. 20 апреля по решению Верховного суда России он был выпущен под залог. 22 декабря 2009 года прокуратура Томской области сняла с Макарова обвинение по ст. 293 УК РФ (халатность) в связи с отсутствием в его действиях состава преступления.

1 октября 2010 года по решению Томского областного суда Макаров снова взят под стражу, в тот же день закончилось судебное разбирательство. Коллегия присяжных заседателей Томского областного суда 3 ноября 2010 года признала отстраненного от должности мэра виновным по семи эпизодам обвинения из девяти, по двум эпизодам он был признан невиновным (получение взятки в 300 тысяч рублей за выделение земельных участков на улице Нахимова, а также хранение и приобретение наркотиков).